Am Anfang der Besiedlung im Tal stand das Kloster. Dieses ist das letzte im Raum der heutigen Schweiz gegründete Benediktinerkloster. Die älteste urkundliche Erwähnung geht auf das Jahr 1152 zurück. Die Klosterkirche ist Johannes dem Täufer gewidmet. Zur Klosteranlage gehörten zudem die Propstei, die St. Anna Kapelle und die Johannes Kapelle. Schon bald entstand um das Kloster eine dörfliche Siedlung mit dem Namen St. Johann.
Die evangelische Kirche befindet sich an der Stelle der ursprünglichen St. Anna Kapelle. Diese wurde 1526 der reformierten Kirchgemeinde überlassen. Im ersten Klosterbrand von 1568 wurde auch sie ein Opfer der Flammen. Sie wurde spätestens 1582 wieder aufgebaut. Den zweiten Klosterbrand von 1626 überstand sie. 1861 kam es zum Kirchenneubau. Besonders und bis heute ungeklärt ist, weshalb die Kirche nach Westen ausgerichtet ist. Das Innere der Kirche ist schlicht, an der Türe zum Turm und an der Kanzel sind Schnitzereien von Ulrich Steiger, die Decke besteht aus 105 unterschiedlich bemalten Kassetten aus Holz.
Unterwasser und Starkenbach waren kirchlich nie selbständig und hatten nie eine eigene Kirche. Die Reformierten kamen von Anfang an zu den Gottesdiensten ins Gotteshaus in Alt St. Johann.
Ausser Gottesdiensten finden in den Alt St. Johanner Kirche auch viele Konzerte statt.
Martin Böhringer, zum Teil bezugnehmend auf Daniel Studer. Das ehemalige Kloster St. Johann im Thurtal. Schweizerischer Kunstführer GSK, Nr. 709, Bern 2002.
Orgel
Die Orgel wurde 1969 (?) durch die Firma Rieger aus Schwarzach in Vorarlberg erbaut. Sie verfügt über zwei Manuale (C -g„`) und ein Pedal (C-f´). Das erste Manual ist hierbei das sogenannte Rückpositiv, da es sich im Rücken des Organisten befindet. Das zweite Manual das Hauptwerk. Die Werke können durch folgende Koppeln aneinandergebunden werden: RP – HW, RP – P, HW – P. Hierfür gibt es sowohl Züge als auch Tritte. Bemerkenswert an dieser Stelle ist noch, dass es durch Drehen der Register und Koppeln die Möglichkeit einer Vorregistrierung gibt und diese durch einen Tritt ausgelöst werden kann. Der Tremulant wirkt nur auf das Rückpositiv. Auch wenn es äusserlich den Anschein hat, dass Hauptwerk und Pedal klassisch (Pedal rechts und links, Hauptwerk in der Mitte) aufgestellt sind, so ist bei genauerer Betrachtung festzustellen, dass hier das Pedalwerk in der Mitte angeordnet ist.
Die Orgel wurde im Frühjahr 2023 einer Revision unterzogen und hierbei alle schadhaften Teile ausgetauscht und das Pedal leichtgängiger und gleichmässiger spielbar gemacht. Der Klang der Orgel ist, und das ist für diese Zeit aussergewöhnlich, relativ weich und harmonisch. Dennoch wurden leider einige Dispositionsmängel begangen, die auch aufgrund der grosszügigen Platzverhältnisse nicht notwendig gewesen wären. Es ist angedacht, diese Fehler gemeinsam mit einem neuen Spieltisch im Zuge einer Kirchenrenovierung in den nächsten Jahren zu beheben zu.
